Uzun zamandır rahatsız olan ve tedavi gören Ahmet Peker, yaşlılığa bağlı nedenlerle kalp ve solunum yetmezliği sonucu vefat etti. Tüm çabalara rağmen kurtarılamayan Ahmet Peker, Körfez Fatih Mahallesi Körfez Camii’nde kılınan cenaze namazı sonrasında Körfez Mezarlığı'nda toprağa verildi.